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घरेलू परिवहन प्रभाग उड़ान योजना, क्षेत्रीय हवाई संपर्क, सी-प्लेन और हेलीकॉप्टर संपर्क, छोटे हवाई अड्डों तथा हवाई अड्डे के विकास के लिए भारतीय विमानपत्तन प्राधिकरण को प्रतिपूर्ति से संबंधित मामलों को देखता है। इसके दायित्वों में अनुसूचित हवाई परिवहन सेवाएँ, अनुसूचित कम्यूटर सेवाएँ, गैर-अनुसूचित ऑपरेटर, सामान्य विमानन तथा पूर्वोत्तर क्षेत्र और अंडमान एवं निकोबार द्वीप समूह में हवाई संपर्क से संबंधित कार्य शामिल हैं।

आर्थिक विनियमन प्रभाग विमान अनुरक्षण, मरम्मत और ओवरहाल (MRO), विमान एवं घटक विनिर्माण, विमान वित्तपोषण एवं लीजिंग तथा विमानन कराधान से संबंधित नीतिगत समन्वय और सुविधा प्रदान करने का कार्य करता है। यह सी-प्लेन और क्षेत्रीय परिवहन विमानों सहित घरेलू विनिर्माण को बढ़ावा देता है, GIFT IFSC में विमान लीजिंग और वित्तपोषण की सुविधा प्रदान करता है तथा विमान वित्तपोषण में भारतीय बैंकों की अधिक भागीदारी की दिशा में कार्य करता है।

रेलवे सुरक्षा प्रभाग, रेलवे सुरक्षा आयोग के लिए मंत्रालय के प्रशासनिक प्रभाग के रूप में कार्य करता है तथा मुख्य रेलवे सुरक्षा आयुक्त के कार्यालय में आयोग के मुख्यालय कार्यालय के रूप में भी कार्य करता है। यह ग्रुप ‘क’ अधिकारियों की नियुक्ति एवं पदोन्नति, संसदीय मामलों, अंतर-मंत्रालयी समन्वय तथा आयोग से संबंधित नीतिगत मामलों को देखता है।

राजभाषा प्रभाग मंत्रालय और इसके अधीनस्थ कार्यालयों में सरकार की राजभाषा नीति के कार्यान्वयन का समन्वय और अनुश्रवण करता है। यह आधिकारिक दस्तावेजों का हिंदी और अंग्रेजी के बीच अनुवाद करता है, द्विभाषी वेबसाइट सामग्री में सहायता करता है, संसदीय प्रश्नों के समयबद्ध अनुवाद को सुनिश्चित करता है तथा तिमाही हिंदी प्रगति रिपोर्ट प्रस्तुत करता है।

कौशल विकास एवं सूचना प्रौद्योगिकी प्रभाग प्रशिक्षण, कौशल विकास, ड्रोन, डिजिटल गवर्नेंस और एयर स्पोर्ट्स से संबंधित कार्य करता है। यह इंदिरा गांधी राष्ट्रीय उड़ान अकादमी और राजीव गांधी राष्ट्रीय विमानन विश्वविद्यालय से संबंधित प्रशासनिक, वित्तीय और नीतिगत मामलों, उड़ान प्रशिक्षण संगठनों के लिए नीतियों तथा मिशन कर्मयोगी के कार्यान्वयन से संबंधित कार्य करता है।

सतर्कता प्रभाग मंत्रालय के अधिकारियों और कर्मचारियों तथा इसके संबद्ध कार्यालयों में निर्दिष्ट कार्मिकों से संबंधित सतर्कता मामलों को देखता है। यह सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रमों और उनकी सहायक कंपनियों में सतर्कता कार्य की निगरानी करता है तथा उनके बोर्ड स्तर के अधिकारियों से संबंधित अनुशासनिक मामलों को देखता है।

हवाई अड्डा विकास प्रभाग ग्रीनफील्ड हवाई अड्डों से संबंधित नीतियों और प्रस्तावों को देखता है, जिसमें स्थल स्वीकृति, सैद्धांतिक अनुमोदन और संचालन समिति द्वारा विचार शामिल हैं। यह सार्वजनिक-निजी भागीदारी के माध्यम से हवाई अड्डा विकास, भारतीय विमानपत्तन प्राधिकरण के हवाई अड्डों की लीजिंग, भूमि संबंधी मामलों तथा विदेशी निवेश से संबंधित कार्य करता है।

प्रशासन प्रभाग मंत्रालय और इसके संबद्ध कार्यालयों से संबंधित निर्दिष्ट मामलों के लिए कार्मिक और स्थापना संबंधी मामलों को देखता है। इसके दायित्वों में कैडर प्रशासन, पदों का सृजन, भर्ती नियम, सेवा अभिलेख, अनुकंपा नियुक्तियाँ, पेंशन और सेवानिवृत्ति संबंधी मामले शामिल हैं।

नकद प्रभाग बजट तैयार करने, व्यय लेखांकन तथा वेतन और अन्य भुगतानों के आहरण एवं वितरण का कार्य करता है। यह यात्रा, अवकाश यात्रा रियायत और चिकित्सा दावों को संसाधित करता है; भविष्य निधि और समूह बीमा खातों का रखरखाव करता है; अग्रिमों की वसूली का प्रबंधन करता है तथा कर कटौती और सांविधिक विवरणियों से संबंधित कार्य करता है।

सामान्य प्रभाग मंत्रालय की कार्यालय सुविधाओं, खरीद और लॉजिस्टिक आवश्यकताओं, जिसमें स्टेशनरी, फर्नीचर, आईटी उपकरण, दूरसंचार और अनुरक्षण सेवाएँ शामिल हैं, का प्रबंधन करता है। यह कार्यालय स्थान और सामान्य पूल आवासीय आवास, स्टॉक सत्यापन तथा अनुपयोगी वस्तुओं के निपटान से संबंधित कार्य करता है।

समझौता प्रभाग द्विपक्षीय हवाई सेवा समझौतों, वार्ताओं, यातायात अधिकारों, एयरलाइन पदनाम और विदेश मंत्रालय के साथ समन्वय से संबंधित कार्य करता है। यह अंतरराष्ट्रीय नागरिक विमानन संगठनों, ICAO में भारत के प्रतिनिधित्व, अंतरराष्ट्रीय बैठकों में भागीदारी तथा संबंधित विदेशी प्रशिक्षण से जुड़े मामलों को देखता है।

एआई प्रभाग एआई एसेट्स होल्डिंग लिमिटेड (AIAHL) और इसकी सहायक कंपनियों—एआई एयरपोर्ट सर्विसेज लिमिटेड, एलायंस एयर एविएशन लिमिटेड, एआई इंजीनियरिंग सर्विसेज लिमिटेड और होटल कॉरपोरेशन ऑफ इंडिया लिमिटेड—से संबंधित नीतिगत, प्रशासनिक और वित्तीय मामलों को देखता है। यह AIAHL के सीएमडी, बोर्ड स्तर के सदस्यों और AIAHL की सहायक कंपनियों के सीईओ की नियुक्तियों से संबंधित मामलों को संसाधित करता है।

विमानन सुरक्षा प्रभाग विमानन सुरक्षा नीति, विधायी मामलों और नागरिक विमानन सुरक्षा ब्यूरो से संबंधित मंत्रालय स्तर के मामलों को देखता है। यह सुरक्षा व्यवस्था, आकस्मिक योजना, कार्मिक तैनाती और प्रवेश नियंत्रण से संबंधित मामलों में सुरक्षा एजेंसियों, राज्य सरकारों और हवाई अड्डा संचालकों के साथ समन्वय करता है।

एयर कार्गो प्रभाग एयर कार्गो नीति, अवसंरचना विकास, टियर-II और टियर-III हवाई अड्डों के लिए सीमा शुल्क लागत वसूली शुल्क प्रतिपूर्ति योजना, एयर फ्रेट स्टेशन नीति तथा लॉजिस्टिक्स और व्यापार सुविधा समन्वय से संबंधित कार्य करता है।

समन्वय एवं कल्याण प्रभाग मंत्रालय की वार्षिक रिपोर्ट, उपलब्धि संबंधी दस्तावेजों, कैबिनेट सचिव के पत्राचार, अनेक प्रभागों से संबंधित अंतर-मंत्रालयी संदर्भों और सरकारी अभियानों का समन्वय करता है। यह नामित सरकारी पोर्टलों की निगरानी करता है तथा महिला कल्याण, कर्मचारी कल्याण और वरिष्ठ नागरिक कल्याण संबंधी निर्देशों को देखता है।

भारतीय विमानपत्तन प्राधिकरण प्रभाग मुख्य रूप से हवाई अड्डा अवसंरचना विकास, विशेष रूप से ब्राउनफील्ड हवाई अड्डा विकास, वायु नौवहन सेवाओं तथा भारतीय विमानपत्तन प्राधिकरण (AAI) से संबंधित अन्य प्रशासनिक मामलों को देखता है। यह प्रभाग हवाई अड्डा विकासकर्ता और संचालक तथा वायु नौवहन सेवा प्रदाता के रूप में AAI के कार्यों के निर्वहन में आवश्यक नीतिगत सहायता, समन्वय और सहयोग प्रदान करता है।

एकीकृत वित्त विभाग नागरिक विमानन मंत्रालय (मुख्य सचिवालय), इसके संबद्ध एवं अधीनस्थ कार्यालयों, सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रमों (PSUs) तथा स्वायत्त निकायों से संबंधित सभी वित्तीय प्रस्तावों की जांच और प्रसंस्करण के लिए जिम्मेदार है। इसके कार्यक्षेत्र में वित्तीय मूल्यांकन, बजट प्रबंधन, व्यय नियंत्रण, वित्तीय योजना तथा लेखापरीक्षा और संसदीय मामलों का समन्वय शामिल है।

महानिदेशालय प्रभाग नागरिक विमानन महानिदेशालय (DGCA) और विमान दुर्घटना अन्वेषण ब्यूरो (AAIB) से संबंधित प्रशासनिक और वित्तीय मामलों को देखता है। यह विमानन सुरक्षा नीति, विधायी और विनियामक मामलों, विमान दुर्घटनाओं एवं घटनाओं की जांच, यात्री चार्टर तथा एयरलाइनों से संबंधित परिचालन मामलों को भी देखता है।
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